Obteniendo Servicios del Contenedor de Servicios

Al usar ContainerAwareCommand como la clase base para el comando (en lugar de la más básica Command), tienes acceso al contenedor de servicios. En otras palabras, tienes acceso a cualquier servicio provisto por el contenedor de Drupal usando el método getService.

protected function execute(InputInterface $input, OutputInterface $output)
{
    $uid = $input->getArgument('uid');
    $entityManager = $this->getService('entity.manager');
    if ($entityManager) {
        $user = $entityManager->getStorage('user')->load($uid);
    }
}